Invisible depuis la vallée, la cité s’inscrit sur une plate-forme en pente nord-sud qui domine le canyon de l’Urubamba sur une hauteur de 500 m. Machu Picchu est divisé en deux grandes sections : le secteur agricole au sud, le secteur urbain au nord, séparés l’un de l’autre par un mur défensif long de 400 m, doublé d’un escalier et d’une fosse sèche.